财政部、国家税务总局新规定，连锁经营企业将实行统一缴纳增值税、所得税。这一规定适用于组织连锁业务或参与连锁业务的企业。目前不少港商在内地参与照相食店和便利店的连锁经营宜多参考有关规定。
在新的《关于连锁经营企业有关税收问题的通知》中规定，在省、自治区、直辖市、计划单列市内跨区经营的统一核算的连锁企业需要实行由总机构向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。
根据规定，对连锁企业内跨区域设立的直营门店，凡在总部领导下统一经营、与总部微机联网、并由总部实行统一采购配送、统一核算、统一规范化管理且不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿的，由总部向其所在地主管税务机关统一缴纳企业所得税。对从事跨区域连锁经营的外商投资企业，由总机构向其所在地主管税务机关统一缴纳企业所得税。
连锁企业实行由总店向总店所在地主管税务机构统一缴纳增值税后，财政部门应研究采取妥善办法，保证分店所在地的财政利益在纳税地点变化后不受影响。
对自愿连锁企业、即连锁店的门店均为独立法人，各自的资产所有权不变的连锁企业和特许连锁企业，即连锁店的门店同总部签订合同，取得使用总部商标、商号经营技术及销售总部开发商品的特许权连锁企业其纳税地点不变，仍由各独立核算门店分别向所在地主管税务机构申报增纳增值税。
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